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控制系统是音乐喷泉重要的部分。音乐喷泉公司一般采用可编程控制系统进行控制。对于音乐喷泉设计人员来讲，需要了解音乐喷泉公司的控制特点才能设计出好的方案。
音乐喷泉是通过实时的控制系统来进行工作的，越大型的音乐喷泉控制系统越是复杂，不过不论是大型还是一般的音乐喷泉系统，都是事先将根据各种音乐编好的控制程序与音乐同时播放，这是音乐喷泉控制系统基本的原理，通过控制系统随心所欲地控制输出各种水型、灯光等。
音乐喷泉公司主要在一些大型广场、主题公园、一些宽广的湖面等方面比较常见，电气设备包括水泵、灯光、音响、变频、配电屏等，总装机容量约在数千kW,由于是处在间歇变化工作，瞬间的电压波动和干扰严重，变频的高频大电流，因此在音乐喷泉实时控制时采用上位机和下位机的工作方式，将用于操作控制的上位机安装在远离设备控制机房，且能观察到喷泉全景的地方便于监视、控制，而将控制电力设备的下位机直接安装在机房的配电屏上。上位机一般采用计算机，可提供多媒体技术及文字和图形的各种操作、显示界面并时对下位机进行监控，下位机采用单片机，PLC或工控机，但考虑到抗干扰和恶劣的工作环境以及较好的性能价格比一般都采用PLC。
音乐喷泉的控制方式主要包括实时控制和程序控制，音乐喷泉对实时控制要求很低，因为喷泉灯光和水型的组合还是有限的，很多变化都是有规律的重复。程序控制方式实际上是有计算机代替人工操作对下位机进行实时控制，因此要对要播放的音乐和与之配合的灯光进行时间上的安排，等调试完后将控制时保存在计算机中，等到正式播放的时候播放音乐与对应的控制时序。